Effectivement le flux dépend de beaucoup de choses et on n'agit pas de la même façon selon qu'on a 1 ou plusieurs boitiers, selon la manière de sauvegarder, les besoins d'indexation, etc. Je ne crois pas qu'il existe une méthode universelle, mais je vais te présenter la mienne.
J'utilise entre 1 et 4 boitiers Canon et du matériel Apple ainsi qu'un tracer GPS (j'aime bien que mes photos soient geotaguées).
Tout d'abord je m'assure que l'horloge de mes boitiers est bien synchronisée (en lançant EOS Utility avec chacun d'eux branchés à tour de rôle et en cochant l'option qui permet de synchroniser le boitier avec l'heure de l'ordi.) Dans un pays étranger, je dois aussi penser à l'heure locale.
Ensuite je shoot en raw (quand j'étais speed dans la presse, je ne faisais que du Jpeg) et en balance des blancs manuelle réglée sur "soleil" (Daylight comme à l'époque des diapos

).
Je vide mes cartes avec
PhotoMechanic (dispo mac/pc) qui est de loin le plus véloce des navigateurs raw que j'ai pu essayer : la navigation d'une image HD à l'autre est instantanée même sur un macbook. Ce soft, en plus d'être très rapide permet de facilement sélectionner, trier et annoter ses photos (Exif/IPTC) de manière plus ou moins automatique et sait vider les cartes sur 2 disques à la fois (j'en conserve un avec toute la production et je fais mes sélections sur l'autre).
Le geotag des images se fait aussi avec PhotoMechanic en important le fichier GPS de manière quasi automatique (il matche selon les heures de prise de vue et les positions relevées toutes les minutes)
Sur le disque de sélection, je classe par date de prise de vue (par heure en fait) toutes les images et ensuite je vire tout le mauvais grain (cadrage, doublons, flous…). Notez que la sélection peut aussi se faire en cours de vidage de carte quand je suis pressé. Ensuite je renomme les images "bonnes" en AAAAMM-JJ-nnnn.cr2 où nnnn est un compteur de 1 à n remis à zéro tous les jours (cr2 c'est le raw de Canon).
Enfin, toujours avec PhotoMechanic, je lance un traitement par lot pour exporter des jpg basse définition (1400 px de large) que j'archive ensuite soit dans iPhoto (pour les images perso, auquel cas je choisis 2300 px de large) soit dans des dossiers rangés par AA/MM-sujet. Cela me permet de conserver en permanence sur mon portable toute ma production pro/perso depuis 2001… Le nom des images étant strictement identique aux HD qui sont stockées sur mon NAS, il m'est aisé de les retrouver et d'y avoir accès de n'importe où et n'importe quand. Avant je backupais aussi les dossiers HD sur des DVD doublés stockés l'un à la maison l'autre au bureau. Désormais c'est un second NAS distant qui assure la redondance de la photothèque complète, en plus du DD où ont été vidées les "brutes de shoot" et du DD où sont conservées les "bonnes".
Quand il s'agit d'utiliser les images (partage sur Cow, tirages, édition, etc), je les développe depuis le dossier HD qu'il soit sur le DD des "bonnes" ou depuis le NAS de travail, tout simplement avec Photoshop et son module Camera Raw (identique à Lightroom il me semble) qui gère très bien le développement par lot, les presets et les réglages unitaires. Je ne stocke pas durablement les photos développées, car les données de dérawtisage sont stockées dans des petits fichiers "texte" créés par Photoshop au moment de l'opération. On peut donc refaire le même "tirage" en quelques secondes. De plus et de manière générale, je ne recarde pas ni ne retouche mes images.
Donc pour résumer, je fais tout le basique et l'archivage avec PhotoMechanic et je développe avec Photoshop.
En espérant avoir pu apporter de l'eau à ton moulin.
A+